Históricamente, la relación entre religión y masonería ha dado lugar a reflexiones y a veces a enfrentamientos.
1. Masonería anglosajona (o "regular"). En Inglaterra se da el paso de una masonería operativa de constructores a otra especulativa y filosófica. Anderson, codifica la primera constitución reguladora de la masonería especulativa (1723) e identifica la religión a la "religión natural" incluyendo la doble obligación de creer en Díos y en la inmortalidad del alma. Recoge así textos anteriores (manuscrito de Cooke, 1410) que presentan a la masonería como una "religión natural "que permite acceder solo y mediante la reflexión personal a un humanismo filosófico. Tal exigencia de interioridad, del carácter interior de toda religión, de la búsqueda de justicia y amor, explican la influencia de San Juan sobre los primeros masones.
En 1813, la unión de las logias de Londres y York da lugar a la Gran Logia Unida de Inglaterra que se autoproclama depositaria de la regularidad masónica, de carácter aristocrático y puritano en sus orígenes: creencia en Dios, uso de un libro sagrado de una religión revelada, exclusión de las mujeres, prohibición de las discusiones políticas y religiosas.
"hay que insistir en las exigencias morales más que en las creencias ya que la filosofía del Cristo es un arte de vivir antes de ser un saber especulativo". Erasmus
2. Masonería liberal. La Masonería liberal nace de una obsrvación: las religiones se identificansiempre con instituciones, doctrinas y dogmas. Y todas pretenden la universalidad, practicando el ostracismo ("fuera de mi Iglesia, no hay salvación"), lo que lleva a la intolerancia, el rechazo, la exclusión, y da vida a todo tipo de integrismos.
Las religiones dividen. Cuando la Masonería pretende unir. De manera que la Masonería, por no pretender a ninguna verdad, aun menos una verdad revelada, no pretende ser una religión sino una filosofía . En 1877, el Gran Oriente de Francia y gran número de otras obediencias suprime la referencia al "Gran Arquitecto del Universo".
Así nace la Masonería liberal que pretende a la total y absoluta libertad de pensamiento, descarta toda referencia religiosa y acepta a todos independientemente de sus creencias: la religión es un tema personal, que no interfiere con sus objetivos de absoluta libertad de conciencia, tolerancia y fraternidad. La Masonería permite esta convivencia en el más absoluto respeto al libre albedrío de cada uno de sus miembros.
