El origen de la masonería en España está muy influenciado por los británicos. La primera logia conocida fue fundada en Madrid el 15 de febrero de 1728 por Lord Coleraine, Duque de Warthon, coronel del ejército inglés, con el nombre de Respetable Logia Matritense o “Las Tres Flores de Lys”. En 1729, el mismo personaje fundó otra logia en Gibraltar, con el nombre de “Lodge of St. John of Jerusalem”. En 1739, Lord Raimond constituía la Gran Logia Provincial de España, con sede en Andalucía.
En España, el poder de la Inquisición, reafirmado por el fundamentalismo religioso de los Borbones y el absolutismo político de la monarquía, propició una de las persecuciones más encarnizadas de Europa.
En 1740 Felipe IV, influenciado por la bula de excomunión de Clemente XII, decretó una severa persecución hacia la masonería, y muchos hermanos fueron encerrados en las cárceles de la Inquisición, interrogados y ejecutados o enviados a galeras. En 1751 se recrudece la persecución, alentada por una nueva bula de excomunión promulgada por Benedicto XIV.
El caso más extremo se produjo cuando un sacerdote ambicioso, el padre Torrubia, pidió dispensa para hacer el juramento de entrada en la masonería. Infiltrado en la organización, destinó los espías y confidentes de la Inquisición a investigarlo a fondo. Confeccionó una extensa y falsa acusación, a la que iba unida una lista exacta con las 97 logias existentes en ese momento en España y sus integrantes. El plan estaba destinado a extirpar completamente la masonería en nuestro país.
Debido a estas fuertes persecuciones, la actividad de la masonería se vio muy reducida, con reuniones secretas, especialmente en Ultramar, donde la persecución fue más moderada. Se sabe que en 1772 se constituyó una logia por soldados holandeses de la Guardia Jalona de Su Majestad. En aquella época, la mayoría de los masones en España, eran súbditos extranjeros, iniciados en sus propios países, y que desconocían muchas veces, incluso, la prohibición existente.
En 1780, se fundó el Grande Oriente Nacional de España, que alcanza gran desarrollo. Napoleón propició la creación de logias masónicas en todo su imperio, por lo que en la primera mitad del siglo XIX encontramos logias de inspiración inglesa, de las que forman parte los liberales partidarios de las Cortes de Cádiz, y de inspiración francesa, formadas por los ilustrados afrancesados. La vuelta al trono de Fernando VII lleva de nuevo a la masonería a la clandestinidad.
Con el pronunciamiento de Riego, durante el llamado “Trienio liberal”, recobró de nuevo vigencia la masonería, pero desapareció rápidamente cuando Fernando VII acabó con el régimen constitucional. Esta situación de persecución e ilegalidad hace difícil reconstruir adecuadamente la historia de aquella época, pero se conoce que actuó en los medios políticos, intelectuales y educacionales, con un marcado matiz anticatólico. A partir de 1868 tiene un ligero auge, aunque con la Restauración en 1874 aparecen de nuevo leyes que la prohíben. Sin embargo, se le atribuye una participación muy directa en la implantación de las dos repúblicas españolas. Durante el final del siglo XIX se mantiene la prohibición y persecución de la masonería, si bien, con menos rigor que durante el reinado de Fernando VII. En 1888 se unificaron los tres Grandes Orientes españoles, junto con el de La Habana., en uno solo.
